Стефан Марков завършва средното си образование в 7-ма гимназия през 1991 г., а след това придобива две магистърски степени от СУ „Св. Климент Охридски“ по специалностите „Културология“ (Философски факултет) и „Връзки с обществеността“ (Факултет по журналистика и масова комуникация). Впоследствие завършва успешно следдипломното си обучение в университета в Аахен (RWTH), като получава магистърска степен по Европеистика. Неговият изследователски фокус през този период се съсредоточава върху европейската медийна политика и законодателство, които служат като предмет на магистърската му теза. Следва и успешно завършва докторантура по Връзки с обществеността във ФЖМК (СУ „Св. Климент Охридски”), редовна форма от 2010 до 2013 г.
Стефан Марков е натрупал богат професионален опит в сферата на комуникацииите по време на кариерата си, в ролите на журналист, експерт по реклама и връзки с обществеността и консултант по социални медии за няколко компании в различни индустрии. От началото на 2018 г. работи изцяло в научната сфера – първо като асистент, а скоро след това и като главен асистент в Института по философия и социология към БАН. От учебната 2021-2022 г. започва да преподава като хоноруван преподавател в специалност „Медийна педагогика“ във ФНОИ на СУ „Св. Климент Охридски“, а през есента на 2022 г. печели конкурс и е назначен на постоянна позиция във същия факултет.
Изследователските му интереси са в областта на комуникациите, медиите, интернет изследванията, онлайн дезинформацията, изкуствения интелект, дигиталните неравенства и поведенческите науки. Очакваната му монография „Алгоритми на заблудата. (Фалшива информация и социални мрежи в епохата на пост-истина)“ е планирана за издаване в началото на 2024 г. от Издателството на Софийския университет. В момента Стефан Марков води лекции по десет дисциплини, свързани с комуникациите, журналистиката, (социалните) медии и интернет. В момента той е в процес на създаване на нов курс, озаглавен „Алгоритмична грамотност“.